Trường PTCS Yên Than đóng trên địa bàn Xã Yên Than là một xã miền núi, nằm ở phía Tây Bắc của huyện Tiên Yên, phía Đông giáp thị trấn Tiên Yên, phía Tây giáp huyện Ba Chẽ, phía Bắc giáp xã Điền Xã và xã Phong Dụ, phía Nam giáp xã Hải Lạng. Xã có nhiều dân tộc anh em sinh sống, gồm có 08 dân tộc anh em là: Kinh,Tày, Dao, Sán Dìu, Sán Chỉ, Hoa, Nùng, Cao Lan (dân tộc thiểu số chiếm tỉ lệ 72,2%) Dân số toàn xã tính đến thời điểm hiện nay là 750 hộ với 2.870 nhân khẩu. Là xã có địa bàn phân bố rất phức tạp, được chia thành 14 thôn, tuy trung tâm xã chỉ cách trung tâm huyện 05 km nhưng các thôn, khe bản của xã thì ở rất xa trung tâm, thôn xa nhất cách trung tâm huyện là 15Km.

    Tổng diện tích đất tự nhiên của toàn xã là 5.125,69 ha, chủ yếu là đất lâm nghiệp (Đất rừng).

    Địa hình phức tạp, đồi núi dốc, bị chia cắt bởi nhiều sông suối, có hai con sông chính chạy qua địa bàn xã là Sông Tiên Yên từ Bình Liêu chảy về và Sông Phố Cũ bắt nguồn từ Hà Lâu chảy về. Khí hậu nhiệt đới 4 mùa, mùa đông kéo dài 6 tháng từ tháng 10 năm trước đến tháng 3 năm sau, nhiệt độ trung bình 10 đến 15 độ, thời tiết tương đối bất thuận trong mấy năm gần đây. Mùa mưa thường có lượng mưa trung bình trên 1.000 mm.